วิธีดำเนินการทำโครงงาน มีขั้นตอนดังนี้
      1. คัดเลือกหัวข้อโครงงานที่สนใจจะทำ
       โดยทั่วไปเรื่องที่จะนำมาพัฒนาเป็นโครงงานคอมพิวเตอร์ มักจะได้มาจากปัญหา คำถาม หรือความสนใจในเรื่องต่างๆ และจากการสังเกตสิ่ง ต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับระบบคอมพิวเตอร์ หรือสิ่งต่างๆ ที่อยู่รอบตัวเรา จากแหล่งข้อมูลที่เชื่อถือได้

       ในการตัดสินใจเลือกหัวข้อที่จะนำมาพัฒนาโครงงานคอมพิวเตอร์ ควรพิจารณาองค์ประกอบสำคัญ ดังนี้
             1. ต้องมีความรู้และทักษะพื้นฐานอย่างเพียงพอในหัวข้อเรื่องที่จะศึกษา
             2.สามารถจัดหาเครื่องคอมพิวเตอร์ ซอฟต์แวร์ และวัสดุอุปกรณ์ที่เกี่ยวข้องได้
             3. มีแหล่งความรู้เพียงพอที่จะค้นคว้าหรือขอคำปรึกษา
             4. มีเวลาเพียงพอ
             5. มีงบประมาณเพียงพอ
             6. มีความปลอดภัย

      2. ศึกษาค้นคว้าจากเอกสารและแหล่งข้อมูล
      การศึกษาค้นคว้าจากเอกสารและแหล่งข้อมูล ซึ่งรวมถึงการขอคำปรึกษาจากผู้ทรงคุณวุฒิ จะช่วยให้นักเรียนได้แนวคิดที่ใช้ในการกำหนด ขอบเขตของเรื่องที่จะศึกษาได้เฉพาะเจาะจงมากยิ่งขึ้น รวมทั้งได้ความรู้เพิ่มเติมในเรื่องที่จะศึกษา จนสามารถใช้ออกแบบและ
วางแผนดำเนินการทำโครงงานนั้นได้

       3. จัดทำเค้าโครงของโครงงานที่จะทำ มีรายละเอียดดังนี้
             1. ศึกษาค้นคว้าเอกสารอ้างอิง และรวบรวมข้อมูลที่ได้จากผู้ทรงคุณวุฒิ
             2. วิเคราะห์ข้อมูล เพื่อกำหนดขอบเขตและลักษณะของโครงการที่จะพัฒนา
             3. ออกแบบการพัฒนา มีการกำหนดลักษณะของเครื่องคอมพิวเตอร์ ซอฟต์แวร์และ ตัวแปลภาษา โปรแกรม และวัสดุต่างๆ ที่ต้องใช้              4. กำหนดตารางการปฏิบัติงานของการจัดทำเค้าโครงของโครงงาน ลงมือทำโครงงานและสรุปรายงานโครงงาน โดยกำหนดช่วงเวลา                  อย่างกว้างๆ
             5. ทำการพัฒนาโครงงานขั้นต้น เพื่อศึกษาความเป็นไปได้เบื้องต้น โดยอาจจะทำการพัฒนาส่วนย่อย ๆ บางส่วนตามที่ได้ออกแบบ
ไว้แล้ว นำผลจากการศึกษาในช่วงนี้ไปปรับปรุงแผนการทดลองที่ออกแบบไว้ในครั้งแรกให้เหมาะสมมากยิ่งขึ้น
             6. เสนอเค้าโครงของโครงงานคอมพิวเตอร์ต่ออาจารย์ที่ปรึกษา เพื่อขอคำแนะนำและปรับปรุงแก้ไข เพื่อให้การวางแผนและดำเนินการ ทำโครงงานเป็นไปอย่างเหมาะสมเป็นขั้นตอน ตั้งแต่เริ่มต้นจนสิ้นสุด

        4. การลงมือทำโครงงาน
         เมื่อเค้าโครงของโครงงานได้รับความเห็นชอบจากอาจารย์ที่ปรึกษาแล้ว ก็เสมือนว่าการจัดทำโครงงานได้ผ่านพ้นไปแล้วมากกว่าครึ่ง ขั้นตอนต่อไปจะเป็นการลงมือพัฒนาตามขั้นตอนที่วางแผนไว้ เช่น จัดเตรียมวัสดุ - อุปกรณ์ ให้พร้อม รวมทั้งการกำหนดหน้าที่ ความรับผิดชอบของสมาชิกในกลุ่มให้ชัดเจน แล้วจึงดำเนินการทำโครงงาน ขณะเดียวกันต้องมีการทดสอบ ตรวจสอบ ปรับปรุงแก้ไข เพื่อพัฒนาโครงงานเป็นระยะ ๆ เพื่อให้แน่ใจว่าผลงานที่พัฒนาขึ้นนั้น ทำงานได้ถูกต้องตรงกับความต้องการที่ระบุไว้ในเป้าหมาย และเกิด ประสิทธิภาพสูงด้วย

         5. การเขียนรายงานและจัดทำคู่มือการใช้

        การเขียนรายงาน เป็นวิธีการสื่อความหมายเพื่อให้ผู้อื่นได้เข้าใจแนวคิด วิธีดำเนินการศึกษาค้นคว้าหาข้อมูลที่ได้ ตลอดจนข้อสรุปและ ข้อเสนอแนะต่างๆ เกี่ยวกับโครงงานนั้น ในการเขียนรายงาน นักเรียนควรใช้ภาษาที่อ่านง่าย ชัดเจน กระชับ และตรงไปตรงมา

        การจัดทำคู่มือการใช้งาน ซึ่งประกอบด้วย
         1. ชื่อผลงาน
         2. ความต้องการของระบบคอมพิวเตอร์ ระบุรายละเอียดของคอมพิวเตอร์ที่ต้องมีเพื่อจะใช้ผลงานนั้นได้
         3. ความต้องการของซอฟต์แวร์ ระบุรายชื่อซอฟต์แวร์ที่ต้องมีอยู่ในเครื่องคอมพิวเตอร์ เพื่อจะให้ผลงานนั้นทำงานได้อย่างสมบูรณ์
         4. คุณลักษณะของผลงาน อธิบายว่าผลงานนั้นทำหน้าที่อะไรบ้าง รับอะไรเป็นข้อมูลขาเข้า และส่วนอะไรออกมาเป็นข้อมูลขาออก
         5. วิธีการใช้งานของแต่ละฟังก์ชัน อธิบายว่าจะต้องกดคำสั่งใด หรือกดปุ่มใด เพื่อให้ผลงานทำงานในฟังก์ชันหนึ่งๆ

         การนำเสนอและการแสดงผลงานของโครงงาน เป็นขั้นตอนที่สำคัญอีกขั้นตอนหนึ่งของการทำโครงงาน เพื่อแสดงออกถึงผลิตผลความคิด ความพยายามในการทำงานที่ผู้ทำโครงงานได้ทุ่มเท และเป็นวิธีทำให้ผู้อื่นได้รับรู้และเข้าใจถึงผลงานนั้น

          การทำโครงงานคอมพิวเตอร์ นอกจากจะเป็นกิจกรรมที่ส่งเสริมให้นักเรียน ได้นำความรู้ทางคอมพิวเตอร์มาใช้แก้ปัญหา พัฒนาคิดค้น ผลิตภัณฑ์ต่างๆ แล้ว ยังเป็นกิจกรรมที่ส่งเสริมให้นักเรียน มีความสนใจที่จะทำงานวิจัยและประกอบอาชีพทางคอมพิวเตอร์มากยิ่งขึ้นด้วย ซึ่งใน ปัจจุบันนี้หลายๆ ประเทศทั่วโลกขาดแคลนบุคลากรทางด้านเทคโนโลยีสารสนเทศเป็นจำนวนมาก ดังนั้นจึงน่าจัดให้การทำโครงงานคอมพิวเตอร์ เป็นกิจกรรมในทุกระดับชั้น เพื่อนำไปสู่การพัฒนาประเทศชาติในอนาคต